Seit seiner Gründung ist dem römischen Museum, einem Fundortmuseum, offiziell vom Staat (dem Kanton Waadt) die Verantwortung für die Konservierung und Präsentation des in Nyon gefundenen archäologischen Materials der Römerzeit übertragen worden.
Seine Sammlungen werden ausschliesslich durch das archäologischen Material bereichert, das während Ausgrabungen unter der Verantwortung des Amts für Archäologie des Kantons Waadt gefunden wird. Die Objekte, für die das Museum verantwortlich ist, kommen vor allem aus dem Stadtgebiet der Colonia Iulia Equestris (Nyon / Noviodunum), aber auch archäologische Fundstücke von andere Fundstätten aus dem Territorium der Kolonie (insbesondere Commugny) werden im Museum konserviert und ausgestellt.
Die Existenz und die Aktivitäten des Museums sind direkt mit den Fortschritten der archäologischen und geschichtlichen Forschungen über das Zentrum und Territorium der Kolonie verknüpft. Einige der wichtigsten Objekte der Dauerausstellung wurden z. B. während der Ausgrabungen gefunden, die anlässlich der Konstruktion des Parkhauses La Duche 2005 organisiert wurden. Darunter befanden sich drei Gottheiten in Form von Bronzestatuetten.